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Einführung neuer Produkte |Blood RNA-Seq „Neuer Partner“ ist online!

Hintergrundinformation
Als Medium zum Empfang, zur Übertragung und zur Reaktion auf zahlreiche biologische Signale ist Blut am Stoffwechsel, an der Überwachung, Aufrechterhaltung des Stoffwechsels und an der Immunfunktion nahezu aller Zellen, Gewebe und Organe beteiligt.Es handelt sich um eine leicht zu gewinnende klinische Probe, die eine entscheidende Rolle bei der Erforschung von Blutkrankheiten, Immunität, Krebs, endokrinen Erkrankungen und anderen Aspekten spielt.Der rRNA-Gehalt in der Gesamt-RNA des peripheren Blutes beträgt mehr als 90 %, und Globin-mRNA macht etwa 70 % der mRNA aus.Diese RNA-Gene können weniger wirksame Informationen liefern.Die direkte Verwendung von Blut zur Sequenzierung führt nicht nur zu einer Menge wertloser Daten, sondern beeinträchtigt auch den Nachweis von mRNA mit geringer Häufigkeit.Daher ist die effektive Entfernung von rRNA und Globin-mRNA der erste wichtige Schritt für den Aufbau einer RNA-Bibliothek.

Produktbeschreibung
Ribo-off Globin & rRNA Depletion Kit (Mensch/Maus/Ratte)(N408) ist für Blut-Gesamt-RNA-Proben vorgesehen. Durch die Schritte der Hybridisierung von Globin-mRNA und -rRNA mit Sonde, der RNase-H-Depletion, der DNase-I-Depletion und anderen Schritten werden sie schließlich aus der Gesamt-RNA und anderen mRNAs und nicht-kodierenden Proben entfernt Es bleiben RNAs erhalten, die für die Analyse nichtkodierender RNAs wie LncRNA verwendet werden können.Es gibt zahlreiche anwendbare Probentypen, die mit geringen Ausgangsmengen (0,01–1 μg) und Proben geringer Qualität kompatibel sind.Es kann rRNA und Globin-mRNA effizient entfernen und die effektive Dateninformation in Sequenzierungsdaten sowie die Erkennungsrate von Proben mit geringer Häufigkeit deutlich verbessern.

Prinzip des Experiments

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(1)Die Anfangsmenge sollte nur 10 ng betragen

Legen Sie verschiedene anfängliche Eingabeniveaus fest, verwenden Sie N408, um rRNA und Globin-mRNA zu entfernen, und erstellen und sequenzieren Sie die entfernten Produkte, um hochwertige Clean Reads zu erhalten. Verglichen mit der Anzahl der Reads ohne die Entfernung des rRNA-Genssund Globin-mRNA-Gens und nach der Verwendung von Produkten anderer Unternehmen zum Entfernen rRNA-Gensund Globin-mRNA-Gens, Die Ergebnisse zeigen, dass N408 mit unterschiedlichen Ausgangsmengen (0,01–1 μg) die Ziel-RNA effizient entfernen kann.
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Abbildung 2. Entfernungseffekt von Globin-mRNA und -rRNA mit unterschiedlichen Ausgangsmengen

(2) Durch Entfernen von rRNA und Globin-mRNA aus verschiedenen Probentypen und Verwenden der Vergleichssoftware (BWA) zum Vergleichen der Sequenzierungsdaten mit der rRNA-Sequenzierungsdatenbank ihrer jeweiligen Spezies zeigen die Ergebnisse, dass N408 Ziel-RNA für Proben unterschiedlicher Art effizient entfernen kann Spezies.
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Abbildung 3. Globin-mRNA- und rRNA-Entfernung bei verschiedenen Arten

(2) Effiziente Entfernung minderwertiger Proben
Entfernen von rRNA und Globin-mRNA aus Proben mit unterschiedlichen RIN-Werten und Durchführen einer Bibliothekskonstruktion und Sequenzierung der entfernten Produkte, um die Anzahl der Reads vor und nach der Verwendung unseres Unternehmens zum Entfernen der Globin-mRNA-Gene und rRNA-Gene und der Verwendung von Produkten anderer Unternehmen zu erhalten Um die Globin-mRNA-Gene und rRNA-Gene zu entfernen, zeigen die Ergebnisse, dass Proben mit unterschiedlichen RIN-Werten durch N408-Ziel-RNA effizient entfernt werden können.
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Abbildung 4. Globin-mRNA- und rRNA-Entfernungseffekt von Proben mit unterschiedlichen RIN-Werten
Entfernen Sie rRNA und Globin-mRNA aus Proben mit unterschiedlichen Ausgangsmengen (0,01–1 μg) und unterschiedlichen Spezies und verwenden Sie das neue Produkt – VAHTS® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit für Illumina (#NR605) für den Aufbau einer Transkriptombibliothek.Basierend auf den Vergleichsergebnissen von HISAT2 verwenden wir stringtie, um die quantitative Analyse der Genexpression abzuschließen und die Anzahl der Gennachweise zu zählen.Die Ergebnisse zeigen, dass unterschiedliche Ausgangsmengen (0,01–1 μg) und Proben verschiedener Arten eine hohe Anzahl an Gennachweisen gewährleisten können.
Unterschiedlicher Startbetrag (Mensch)

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Verschiedene Arten (100 ng)
Abbildung 5. Die Anzahl der Gene, die in Proben unterschiedlicher Ausgangsmengen und verschiedener Arten nachgewiesen wurden
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